Сниппеты от ST — очень классная штука! Читал я даташит, читал, но со всеми этими опциями черт ногу сломит! Зато взял готовый сниппет — вуаля, заработало!
Правда, на один щелчок энкодера насчитывает 4 импульса (т.к. счет идет по всем фронтам, но это и к лучшему — можно повысить точность). В ARR можно занести какое-нибудь значение и разрешить прерывание по UEV, в этом случае каждые ARR+1 импульсов будет срабатывать прерывание, где можно выставить какой-нибудь флаг. Ну или выполнить какие-нибудь действия, что удобно, если энкодер стоит на валу шаговика: один таймер просто тактирует, в ARR заносим требуемое количество шагов, выставляем направление счета в зависимости от направления вращения, а как сработало прерывание, отключаем тактирование шаговика.