Зачем ST-link? Там же отдельно выведен UART1 для бутлоадера. Я вообще уже забыл, когда последний раз прошивал STM32 через дурацкий st-link. Переходник на PL2303 значительно дешевле самого простого стлинка.
Вот, правда, с 042 придется пользоваться st-link'ом (он все равно на девборде распаян). Но у меня makefile сразу написан и на то, и на другое.

А почему бы питание не подавать через p-канальный мосфет с низким Rdson? Стабилитроном выставить пороговое напряжение, и будет МК запитан лишь когда напряжение дойдет до требуемого уровня.