Вот посмотрел я сегодня еще раз те жалкие картинки, которые мне сделал hugin вместо HDR, и подумал, что надо бы все-таки реализовать свою HDR-собиралку (теоретически, т.к. hugin — всего лишь обертка, запускающая консольные утилиты, можно ей вместо hugin_hdrmerge свое подсунуть).
Теорию я уже приводил на ЛОРе, да и частично реализовывал при анализе камеры Apogee. Т.к. здесь работа ведется с png-файлами, все сильно упрощается (правда, надо где-то сохранять сведения об экспозиции каждого кадра, иначе ничего не получится): открываем одновременно все файлы, затем построчно считываем их, строка за строкой заполняя результирующее HDR-изображение. Обработка элементарная: отбрасываем значения ЧБ-интенсивности, близкие к 0 или 255; далее делим оставшиеся интенсивности на экспозиции; вычисляем медиану; сохраняем логарифм полученного значения во временный файл (лучше, пожалуй, double использовать), параллельно вычисляя максимальную и минимальную величину логарифма. В другой или этот же файл сохраняем данные о цвете, которые берем из того изображения, где уровень серого в данном пикселе лежит где-нибудь так в диапазоне 176..230 (надо экспериментально подобрать).
По окончании обработки всего изображения преобразуем наш бинарник в нормальный png-файл.
Такой способ обработки все шумы максимально уменьшит, кроме шумов на уж очень темных местах (т.е. на темных участках изображения с максимальной экспозицией). Их придется восстанавливать, предварительно пройдясь медианным фильтром.

В общем, если не забуду об этой идее, как-нибудь от скуки реализую. ( UPD )