Я бы как раз не стал ставить этот флаг глобально, чтобы лишнего не собирать :) Они обычно добавляются 1-2 в неделю, не напрягает.

Так сначала оценить размер бедствия, он может оказаться не таким и большим, по крайней мере для system.

А так - сказать ему использовать -j1 и пусть тихонько лопатит себе в фоне, если не горит ...