Вот ведь... Аккурат сейчас пытаюсь примерно того же добиться (быстро отправлять в BSRR данные из циклического буфера), но пока не очень получается (начал с куба + IAR, тактирование и т.п. настраивается нормально по картинке, USB-CDC тоже запустить удалось, а вот c DMA-GPIO по таймеру как-то нескладуха пока... да и собственно с таймером пока фигня, судя по логическому анализатору - подоткнул PWM, так его частота не зависит от TIMx->ARR и вообще несообразная какая-то).

UPD: победил. HAL мне нравится всё меньше, надо и правда пробовать libopencm3 + регистры (пробовал запуск таймера переписать с HAL на регистры - стало чуть длиннее, но отпала необходимость вникать в кучу кода в HAL - без этого как-то не получается).
Скорости получились ещё ниже, причём завестись почему-то удаётся только до тактовой 48 MHz.