> Под линуксом putty не нужен, т.к. полным-полно терминальных клиентов есть.

Назови хоть один нормальный.

> Именно в этом и получилась проблема.

Итого: ты попросту не умеешь корректно парсить входной поток строк. Проблема в говнокоде, а не в винде.