У меня на рабочих ноутах уже лет 6 лтс-убунты. Тоже думал слезать с них, когда узнал что гвоздями прибивают ситемд, но! Обновил рабочий ноут на 16.04 для посмотреть-потыкать и каких-то принципиальных проблем не возникло. При этом я понимаю что у всех свои юзкейсы и кому-то системд может реально доставлять неудобства, но у меня по большому счету все осталось как и было. Одно обидно - в 16.04 юнити-2д выпилили, но при этом есть mate-desktop, который все ставит на свои места:)

Насчет разделения пакетов... вопрос спорный. Мне, например, нужно на сервере поднять прод-окружение. Зачем мне заголовки и прочая дев-лабуда? Мухи отдельно, котлеты отдельно. Если у тебя релизы кода улетают в прошивку очередного микрика, то понятно почему тебе не нравится разделение пакетов, но у всех же разные юзкейсы.

Насчет ардуин я хз. У меня микрики как хобби и для моих некомерческих тасков мне пофиг на чем реализовывать. Каких-то принципиальных проблем не встречал ни с мегами, ни с стм-ами, ни с ардуинами. Больше все упирается в то что дешевле достать под идею, родившеюся вечером под чай.