Это — ключи, с которыми gcc вызывается. Они не помогут, если сам gcc криво собран.
Кстати, "-D__thumb2__=1" используется один-единственный раз (выбор типа инструкций в CMSIS), "-D__CORTEX_M0" — скорее всего для твоей собственной обвязки, "-mtune=cortex-m0" никакой роли не играет (абсолютно одинаковый выхлоп получается что с ним, что без него).