Оба протокола поверх уарта с которыми я работаю постоянно, используют межсимвольный тайм-аут для определения границ фрейма.

1. Modbus RTU. См. MODBUS Message RTU Framing. Там указано 3.5 символа, после которых возникает тайм-аут.
2. ISO7816. См ГОСТ7816, часть 3. Там ужасный перевод ISO, но само ISO в открытом виде не распространяется. При блочном протоколе T=1 используется межсимвольный интервал, значение задается в начальных параметрах карты - ATR.

Промышленных протоколов поверх уарта, которые НЕ используются тайминги мне неизвестно.